Zostali upamiętnieni w 1985 r. przez absolwentów bydgoskiego Klasyka tablicą pamiątkową: MORTUI SUNT UT VIVAMUS LIBERI, umieszczoną w holu na drugim piętrze szkoły.
Wśród zamordowanych był ostatni przedwojenny dyrektor szkoły -Zygmunt Polakowski, który kierował placówką w latach 1930-1939, aresztowany przez Niemców 16 października 1939 r., następnie wywieziony wraz z grupą 51 współwięźniów w nocy z 31 października na 1 listopada i zamordowany w Dolinie Śmierci.
Bł. ksiądz Franciszek Dachtera, absolwent gimnazjum, więziony niemal od początku wojny, zamęczony eksperymentami pseudomedycznymi zmarł w Dachau 22 sierpnia 1944 roku. W 1999 roku został beatyfikowany przez papieża Jana Pawła II.
Byli wśród nich żołnierze: kapitan lotnictwa, cichociemny Edmund Adrian, zamordowany przez Niemców w 1944 r.; Zygmunt Nowak - oficer Marynarki Wojennej, zginął na ORP Orzeł 8 czerwca 1940 r.; Jerzy Goździewicz, podporucznik Korpusu Ochrony Pogranicza, zamordowany w Charkowie w 1940 r. przez NKWD, którego w szczególny sposób upamiętniła młodzież naszej szkoły, sadząc w parku przed szkołą w 2011 r.Dąb Katyński, poświęcony jego pamięci.
Nie sposób tutaj przywołać wszystkich nazwisk nauczycieli, katechetów i wychowanków Klasyka, którzy walczyli i ginęli na frontach II wojny światowej, katowniach gestapo, obozach koncentracyjnych i więzieniach NKWD, pozostali wierni tradycji i patriotycznemu wychowaniu, o które dbała szkoła. Szacuje się, że zginęło około 18 % abiturientów z lat 1920 - 1939, pamiętamy o nich w tym szczególnym jubileuszowym roku 400-lecia szkoły - "Umarli, abyśmy mogli żyć jako wolni ludzie".